Comienza la Leyenda
En el año 1937, durante el rectorado de Luis Chico Goerne, se hizo la petición para que un equipo representativo de la Universidad Nacional Autónoma de México ingresara a la Liga Mayor de Fútbol del Distrito Federal, misma que fue rechazada, aceptándose en su lugar al equipo Marte, uniéndose a España, Asturias, América, Necaxa y Atlante.
En 1940, el rector Santo le encargó la preparación del equipo de la Universidad al costarricense Rodolfo Muñoz "Butch", quien todavía era jugador activo del Real Club España. Con jugadores surgidos de las distintas escuelas y facultades de la Institución, la escuadra universitaria fue una animadora constante de los torneos nacionales estudiantiles. "Butch" se mantendría en su puesto durante 13 años, las cuales fueron un preludio exitoso con vistas a la aceptación en el profesionalismo. Es considerado el equipo con mejor cantera del país, a causa de sus exportaciones al extranjero.
Afición de los Pumas de la UNAM.Roberto "Tapatío" Méndez, legendario entrenador de fútbol americano, decidió en 1942 que el mote para la escuadra universitaria fuera el de: Pumas, pues estaba convencido de que se trata de un felino que reúne las características que él deseaba en todo jugador: fuerte, agresivo, valiente, rápido e inteligente. Además, los pumas, que no son grandes de tamaño, salen airosos de confrontaciones con rivales mayores, gracias a su agilidad y astucia. En la actualidad, Pumas es el nombre de competencia de todos los deportistas universitarios.En agosto de 1954, Universidad fue aceptado en el profesionalismo. El ingreso a la Segunda División, se obtuvo gracias a las gestiones del Rector Nabor Carrillo y por el Ingeniero Guillermo Aguilar Álvarez. Este último, quien fungio como verdadero mecenas del equipo, fue nombrado presidente en reconocimiento al apoyo que brindó hacia los jugadores en todo momento. El 12 de diciembre de 1954, en Monterrey, los universitarios jugaron su primer partido en la división de ascenso. Sin embargo, el camino fue arduo y después de tres años difíciles, el equipo pidió un permiso para ausentarse de la competencia durante un año, a fin de pasar por un proceso de restauración. A partir de la temporada 1958/59, con la dirección técnica de Héctor Ortiz y con el apoyo del Patronato de la UNAM, se colocaron las bases para la obtención del ascenso, el cual sería obtenido en 1962.
Con ocho años en la Segunda División llegó el ansiado título que además significó el ascenso a la Primera División de México. La corona fue consegida el 9 de enero de 1962 en Ciudad Universitaria en la temporada 1961/62 tras vencer al Cataluña de Torreón 5-1, siendo Octavio Vial su director técnico. En su primer partido en Primera División, los Pumas jugaron contra el América, quedando el marcador 2-0 a favor del cuadro americanista.
Ha sido cuna de excelentes jugadores mexicanos, entre los que destacan: Enrique Borja, Aarón Padilla, Leonardo Cuéllar, Luis Flores, Manuel Negrete, Miguel España, Alberto García Aspe, Luis García Postigo, Jorge Campos, Claudio Suárez,Rafael "Chiquis" García, Sergio Bernal, Braulio Luna, Israel López, Gerardo Torrado, Pablo Barrera, Héctor Moreno, Efraín Juárez y el considerado más grande jugador mexicano de todos los tiempos: el penta pichichi y miembro del histórico once ideal del Real Madrid: Hugo Sánchez Márquez. Vale mencionar que el club Universitario es el que ostenta el mayor número de jugadores líderes de goleo en México y se le ha reconocido históricamente como la mejor cantera de esta nación, al igual, su fuerzas básicas han participado en los torneos internacionales de Viareggio, Italia y Dallas, Texas. Cabe decir que el cuadro de la Universidad Nacional Autónoma de México es el equipo que no sólo ha exportado más jugadores a otros clubs de México, es el club mexicano que ha enviado más jugadores "canteranos" a otros países como: (Hugo Sánchez, Luis García, Alberto García Aspe, Manuel Negrete, Luis Flores, Jorge Campos, Gerardo Torrado, Héctor Moreno, Pablo Barrera, Efraín Juárez por ejemplo) pues del mismo modo su cantera ha contribuido con jugadores a las selecciones nacionales de México, como ningún otro equipo del balompié mexicano. Asì mismo, directores técnicos de extracción Puma han llegado a dirigir la Selección Mexicana: Bora Milutinovic, Mario Velarde, Miguel Mejía Barón y Hugo Sánchez Márquez a la selección varonil mayor; Jesús Ramírez a la selección sub 17 que ganó el Campeonato Mundial Perú 2005; Leonardo Cuéllar a la selección femenil.
Durante la era de los torneos cortos, Universidad no lograba reencontrarse con el sueño de un campeonato, ya que en la fase de liguilla del Verano 97, sucumbieron ante Toros Neza por un marcador de 3-4, con lo cual se quedaron en la etapa de Cuartos de Final. En el Torneo de Invierno 98, lograron la campanada al descalificar al líder de la competencia, el Cruz Azul, durante la misma instancia antes mencionada. Pero en semifinal, perdieron el duelo al caer ante quien sería el subcampeón del mismo torneo, las Chivas del Guadalajara. Cuando Hugo Sánchez tomó el mando del equipo, logró una vez más acceder a otra semifinal, la del Torneo de Verano 2000, y todo parecía indicar que los felinos volverían una vez más a la gloria, pero sin embargo cayeron en el Estadio Corona ante el cuadro de Santos Laguna por 0-1 y un global de 1-2, lo cual otra vez dejaba a los universitarios cerca de pelear por el título. En la segunda etapa de Hugo Sánchez como director técnico, durante el torneo de Verano 2002, la UNAM había logrado por tercera vez consecutiva acceder a la semifinal, y tenía todo para lograr acceder a la gran final, ya que el encuentro de vuelta seria en Ciudad Universitaria, llegaba mejor colocado en la tabla general, y además tenía la ventaja de haber sacado un empate a cero goles en el Estadio Azteca ante su más odiado rival, las Águilas del América. Lamentablemente, las cosas no salieron del todo bien y para sorpresa de los felinos y sus seguidores, fueron eliminados al caer 1-2 en propia cancha y ante el cuadro de Coapa, lo cual caló hondo y dejó huella en la cancha y la tribuna. Pese a este descalabro,los universitarios llegaron nuevamente a la Semifinal en el Torneo de Apertura 2002. Su rival en turno, los Monarcas de Morelia, le asestaron una goleada de 4-0 en el partido de ida. A pesar de que los Pumas trataron de revertir tan abultado marcador en Ciudad Universitaria, el marcador final del partido de vuelta fue de 2-1 favor de la Universidad, para un 2-5 en el marcador global, resultado que le dio el pase al cuadro de Morelia a la gran final. Esta fue la cuarta derrota consecutiva del cuadro felino en semifinales en torneos cortos.
El año 2004 fue el más exitoso en la historia del club dentro de los torneos cortos, comenzando con la coronación en el Clausura 2004, al vencer en penales a las Chivas del Guadalajara en la final, imponiendo varios récords institucionales y teniendo además al campeón goleador de la liga, Bruno Marioni. Ese mismo año ganó la Copa del Campeón de Campeones tras derrotar al Pachuca, campeón del Apertura 2003, y doblegó al Real Madrid en la capital española, para quedarse con el Trofeo Santiago Bernabéu. En diciembre cerró un año perfecto con la coronación en el Torneo de Apertura, venciendo en la final al Monterrey y convirtiéndose en el primer y actualmente único bicampeón en torneos cortos en la Primera División Mexicana.
Después de ganar todo lo posible, el 2005 fue un año contrastante y se convirtió en el peor en la historia de la institución. El equipo pasó por varias jornadas de pésimos resultados, e incluso recibió una de las mayores goleadas de su historia, al ser aplastado por el Cruz Azul por marcador de 0-5 el 28 de agosto de aquel año, justo el día del aniversario número 51 del club universitario. El equipo concluyó el año en el último lugar de la tabla porcentual, con varias goleadas en contra, malas rachas y con el cese de su técnico Hugo Sánchez, aunque en el plano internacional logró un importante avance al llegar a la final de la Copa Sudamericana en su año de debut, con resultados tales como un 3-0 sobre el Corinthians de Brasil en los Cuartos de Final, y un 4-0 sobre el Vélez Sársfield de Argentina en Semifinales, ambos campeones de sus respectivas ligas. En la Final caería en penales frente a Boca Juniors, aunque logró quedarse con el campeón goleador del torneo, Bruno Marioni, con 7 goles. En la liga mexicana logró salir de problemas de descenso durante el Clausura 2007, aunque sin recuperar hasta ese momento el nivel exhibido en el 2004.
En el Apertura 2007 los Pumas vencen por marcador de 8-0 a los Tiburones Rojos de Veracruz en la que representa la segunda mayor goleada otorgada de su historia y la mayor registrada por cualquier equipo en torneos cortos. Además, logró clasificar a la liguilla después de no haberlo conseguido en el Clausura 2007, y logró llegar a su décima final, al vencer en la liguilla del torneo Apertura 2007 al Club Deportivo Toluca en los cuartos de final (2-0,1-1) y al superlíder del torneo Santos Laguna en semifinales (3-0,4-2).
Los Pumas de la UNAM disputaron la final del Apertura 2007 contra el Atlante, el día 6 de diciembre en C.U. la cual queda 0-0 y el día 9 de diciembre en Cancún la cual perdió 2 a 1.
El sábado 23 de mayo de 2009 los universitarios pierden 2-1 ante el puebla en la semifinal de vuelta en C.U. pero con marcado global de 3-3 y por mejor posición en la tabla logran avanzar a la final del Clausura 2009 ante el Pachuca. En el partido de ida en C.U., el partido acabó 1 a 0 a favor de los Pumas. En el partido de vuelta el 31 de mayo en el estadio Hidalgo, quedó 2 a 2 el marcador y 3 a 2 el global a favor de los felinos, como consecuencia los Pumas se vuelven campeones del Clausura 2009.
El torneo Apertura 2009 fue uno de los peores que ha tenido el Club Universidad, obteniendo 5 puntos en los primeros diez encuentros, y terminando en penúltimo lugar con 17 puntos obtenidos en la misma cantidad de juegos. Todo esto a pesar de haber jugado con la misma plantilla que ganó el torneo anterior a excepción del jugador Toledo que fue comprado por el equipo los Tigres de la UANL.
Para el torneo Bicentenario 2010, a pesar del mal resultado del torneo anterior, el equipo decidió mantener al entrenador Ricardo Ferretti y a la plantilla completa. La continuidad dio resultado, pues el equipo calificó a la liguilla en cuarto lugar, siendo la mejor defensa desde que se instauraron los torneos cortos en 1996, recibiendo tan solo 10 goles en 17 partidos. El récord anterior era de 11 goles obtenidos por los Pumas en el Apertura 2006 y por el Atlante en el torneo Invierno 96. El equipo fue eliminado en cuartos de final con un marcador global 2-1 a favor del equipo Santos Laguna.
En el verano del 2010 el equipo tuvo tres salidas importantes. En primer lugar el entrenador Ricardo Ferretti salió del club para dirigir a los Tigres de la UANL, su lugar fue ocupado por Guillermo Vázquez, que hasta ese momento había ocupado el puesto de auxiliar técnico en el equipo. Además, después de tener buenas actuaciones en el mundial Sudáfrica 2010, Efraín Juárez fue contratado por el Celtic Football Club de la Premier League de Escocia y Pablo Barrera emigró a la Premier League de Inglaterra para jugar con el West Ham United Football Club. A pesar de esto, por cuarto torneo consecutivo el club decidió no contratar ningún refuerzo y aparentemente darle salida a los jóvenes formados en sus fuerzas básicas.
Por lo anterior, la prensa y los aficionados expresaron sus dudas sobre lo que el equipo podría conseguir en el Apertura 2010. Al comienzo del torneo, el equipo ganó los primeros juegos que se disputaron en el Estadio de C.U., incluso rompiendo una mala racha ante el Cruz Azul;[2] pero perdieron por goleada sus primeros encuentros como visitante contra el Santos y el Monterrey.
En el Clausura 2011, con esas mismas dudas, pasó lo que nadie esperaría tras iniciar con un torneo discreto, poco a poco se dio a notar siendo el único invicto claro fue el resultado donde lo consideraron el mejor con una goleada de 5-1 sobre Estudiantes Tecos en C.U. y siendo el super líder casi todo el torneo, el invicto lo pierde en la fecha 12 tras caer 3-1 ante Jaguares de Chiapas pero seguía siendo líder. Perdió el superliderato tras caer en el "México 68" 2-0 contra el Club América hizo historia sin perder más de un año en casa y quedando así en 2do. lugar en la general. Después de pasar a la liguilla enfrentando a Monterrey, Club Deportivo Guadalajara y en la final Monarcas Morelia; el club de la Universidad Nacional Autónoma de México se consagró campeón por séptima vez.
